Vertikal

Intern waren das MfS und dessen nachgeordneten Bezirksverwaltungen in mehrere Hauptabteilungen sowie in Unterabteilungen und auch Arbeitsgruppen gegliedert, die trotz des bei Nachrichtendiensten üblichen Abschottungsprinzips dennoch zum Teil eng miteinander in Verbindung standen.

Die Hauptgruppen waren meist mit römischen Ziffern durchnummeriert und hatten ein klar definiertes Tätigkeitsfeld. Auf Bezirksebene wurde die Struktur gespiegelt, das heißt, dass jede Hauptabteilung einen entsprechenden Ableger innerhalb der Bezirksverwaltungen hatte.

* Minister für Staatssicherheit

o Abteilung 26 – Telefonüberwachung und Abhörmaßnahmen, konspiratives Eindringen in Objekte
o Abteilung Bewaffnung und Chemische Dienste (BCD)
o Abteilung Finanzen
o Abteilung Nachrichten – Sicherstellung des Nachrichtenwesens
o Abteilung X – Internationale Verbindungen
o Abteilung XI – Chiffrierdienst
o Abteilung XIV - Untersuchungshaft und Strafvollzug
o Arbeitsgruppe Bereich Kommerzielle Koordinierung (AG BKK), zuständig für die Kommerzielle Koordinierung von Alexander Schalck-Golodkowski.[27]
o Arbeitsgruppe des Ministers (AGM) – Mobilmachung, Schutzbauten
+ Sondereinheiten AGM/U
+ AGM/S – „militärisch-operative Spezialaufgaben“ (z. B. bewaffnete Flugbegleitung) Zentrale Spezifische Kräfte, wurde noch 1989 in die HA XXII integriert.
+ Wachregiment Feliks Dzierzynski
o Arbeitsgruppe E beim Stellvertreter des Ministers, Generaloberst Mittig (AG E) - Außensicherung militärischer Schwerpunktobjekte, Entwicklung technischer Abwehrmittel gegen gegnerische automatische Aufklärungssysteme
o Arbeitsgruppe XVII – Büro für Besuchs- und Reiseangelegenheiten (BfBR) in Berlin (West)
o Büro der Leitung (BdL) – Innere Objektsicherung des MfS, Kurierdienst.
o Büro der Zentralen Leitung der Sportvereinigung Dynamo
o Hauptabteilung I (HA I) – Überwachung und Absicherung der NVA und Grenztruppen (NVA-interne Bezeichnung der HA I: Verwaltung 2000 oder Büro 2000) In diesem Bereich gab es die höchste Durchdringung mit IMs (Verhältnis eins zu fünf !).
o Hauptabteilung II (HA II) – Spionageabwehr
o Hauptabteilung III (HA III) – Spionageabwehr im Bereich Fernmelde- und Elektronische Aufklärung (Funkabwehr), grenzüberschreitende Telefonüberwachung
o Hauptabteilung VI (HA VI) – Passkontrolle, Tourismus (z. B. Interhotels), Sicherung des Transit- und Reiseverkehrs (Autobahnraststätten, Transitparkplätze etc.)
o Hauptabteilung VII (HA VII) – „Abwehr“ im Ministerium des Innern (MdI) und der Deutschen Volkspolizei (DVP)
o Hauptabteilung VIII (HA VIII) – Beobachtung, Ermittlung. Sicherung des Transitstraßenverkehrs, Observation von Militärverbindungsmissionen (MVM). Die HA VIII war eine Querschnittsabteilung und wurde regelmäßig von anderen HAs angefordert, mit Ausnahme der HA II und der HVA, die über eigene entsprechende Struktureinheiten verfügten.
o Hauptabteilung IX (HA IX) – Disziplinar- und Untersuchungsorgan, Durch- und Beweisführung von Ermittlungsverfahren zu Militärspionen
+ Hauptabteilung IX/11 – „Aufklärung und Verfolgung von Nazi- und Kriegsverbrechen“[28]
o Hauptabteilung XV – Ehemaliger Name der Hauptverwaltung Aufklärung vor der Ausgliederung, später als HVA-Depandance unter der Bezeichnung Abteilung XV in den Bezirksverwaltungen.
o Hauptabteilung XVIII (HA XVIII) – Absicherung der Volkswirtschaft, Sicherung der Einrichtungen der Rüstungsforschung und Rüstungsproduktion, Kontrolle der Industrie-, Landwirtschafts-, Finanz- und Handelsministerien sowie der Zollverwaltung der DDR, Aufklärung und Bestätigung von Nomenklaturkadern, Auslands- und Reisekadern, Militärbauwesen, HO-Spezialhandel mit der GSSD[29]
o Hauptabteilung XIX (HA XIX) – Verkehr (Interflug, Deutsche Reichsbahn und Binnen- und Seeschifffahrt), Post- und Fernmeldewesen, Aufklärung und Bestätigung von Kadern[30]
o Hauptabteilung XX (HA XX) – Staatsapparat, Kultur, Kirche, Untergrund. Sicherstellung militärischer Fernmeldetechnik und der Gesellschaft für Sport und Technik (GST)
o Hauptabteilung XXII (HA XXII) – „Terrorabwehr“
o Hauptabteilung Personenschutz (HA PS)
o Hauptabteilung Kader und Schulung (HA KaSch)
+ (Juristische) Hochschule des MfS
+ Zentraler Medizinischer Dienst (ZMD)
o Operativ-Technischer Sektor (OTS)
o Verwaltung Rückwärtige Dienste (VRD)
o Zentrale Arbeitsgruppe Geheimnisschutz (ZAGG)
o Zentrale Auswertungs- und Informationsgruppe (ZAIG)
+ Abteilung XII – Zentrale Auskunft/Speicher. Archiveinheit, verantwortlich für zentrale Nachweisführung und Auskünfte über erfasste Personen und registrierte Akten
+ Abteilung XIII – Zentrale Rechenstation
+ Abteilung M – Postkontrolle
+ Abteilung PZF (1962-1983), Kontrolle von Päckchen, Paket- und Streifbandsendungen sowie westliche Druckerzeugnisse, ab 1983 fusioniert mit der Abteilung M
+ Rechtsstelle
o Zentrale Koordinierungsgruppe (ZKG) – Bekämpfung von Flucht und Übersiedlung
o Zentraler Operativstab (ZOS)
* Hauptverwaltung Aufklärung – Auslandsspionage (HVA)