17. Juni 1953
Nachdem das MfS bei der Früherkennung und Unterdrückung der sogenannten „Zusammenrottungen“ des Volksaufstandes am 17. Juni 1953 aus Sicht des Politbüros „versagt“ hatte, wurde das Ministerium am 23. Juli 1953 zum „Staatssekretariat für Staatssicherheit (SfS)“ zurückgestuft und dem Ministerium des Innern der DDR unter Willi Stoph unterstellt; erst am 24. November 1955 erhielt es wieder Ministeriumsrang und bekam den Hauptverwaltung Aufklärung genannten Auslandsnachrichtendienst zugeordnet.
In Folge dessen wurde der seit 8. Februar 1950 amtierende Minister für Staatssicherheit Wilhelm Zaisser wegen „parteifeindlicher fraktioneller Tätigkeit“ seines Ministerpostens enthoben, aus dem Zentralkomitee der SED und ein Jahr später auch aus der SED ausgeschlossen.
Auch der stellvertretende Minister Erich Mielke musste sich einer Überprüfung seiner Amtsführung unterziehen, durfte seinen Posten jedoch behalten. Leiter des SfS und dann Minister des MfS wurde Ernst Wollweber.
Eine wesentliche Rolle kam dem MfS jedoch bei der Ermittlung und Verhaftung der sogenannten „Rädelsführer“ und „westlichen Provokateuren“ zu. So wurden durch MfS und Volkspolizei bis zum Abend des 22. Juni 1953 über 6.000 Personen festgenommen.
Während der gesamten 1950er-Jahre wurden in zahlreichen „Säuberungen“ Parteimitglieder verhaftet, die während der Zeit des Nationalsozialismus in westliche Länder emigriert waren; auch andere SED-Mitglieder wurden Opfer dieser Aktionen.
Zu den prominentesten Opfern der stalinistischen Parteisäuberungen in der DDR gehörten Kurt Müller, Wilhelm Kreikemeyer, Paul Merker, Max Fechner, Karl Hamann und Georg Dertinger.
Zudem entführte das MfS in den 1950er Jahren im Zuge diverser Verhaftungsaktionen gegen „feindliche Agenten“ etwa 600 bis 700 Personen aus dem Westen in die DDR.
Eine kurze Phase der Entstalinisierung führte im Sommer 1956 zur vorzeitigen Entlassung von 25.000 Häftlingen, darunter auch zahlreiche politische Gefangene. Auch die bis dahin gängige Folterpraxis stand intern zur Diskussion.
Doch bereits nach dem Volksaufstand in Ungarn 1956 folgte eine weitere Welle der Repression, der mit Wolfgang Harich und Walter Janka auch prominente Kommunisten zum Opfer fielen. Auch Wollweber geriet in offenen Konflikt mit Walter Ulbricht.
Auf dessen Anordnung wurde Wollweber 1957 durch seinen Stellvertreter Mielke ersetzt. Dieser leitete das MfS bis zum 7. November 1989, dem Tag des Rücktritts des Ministerrats der DDR zur Wende.